ZOOM Lite

Описание

ZOOM Lite - это программное обеспечение нового поколения для построения карт и визуализации данных секвенирования. Пользователи вводят эталонные геномы, и Illumina/Solexa коротко читает файлы или цветовое пространство AB SOLiD считывает файлы в различных форматах, таких как * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta и т. Д. ZOOM выводит результаты сопоставления этих коротких читает по ссылочной последовательности. ZOOM Lite имеет быстрое и точное ядро ​​отображения, основанное на недавно разработанной теории множественных разнесенных семян. Могут обрабатываться как односторонние, так и парные чтения различной длины от 15 до 240 битов. Допускается любое количество несовпадений и одна вставка/удаление различной длины между считываемой и целевой областью эталонной последовательности. Однозначно сопоставленные результаты или лучшие (первые N) результаты для каждого чтения будут сообщаться в соответствии с минимальными несоответствиями и длиной отступа. Показатели качества используются для повышения точности картографирования. На основе ядра сопоставления ZOOM Lite позволяет пользователям загружать локальные данные чтения и данные эталонной последовательности, выбирать правильные параметры, обрабатывать большие объемы данных параллельно между четырьмя ЦП, отслеживать выполняемые задачи, сохранять результаты сопоставления, просматривать графики результаты сопоставления и результаты сопоставления выходных данных в файлах форматов * .BED или * .GFF для дальнейшего изучения с информацией о треках браузера UCSC. Результаты картирования можно просматривать в любом желаемом масштабе, от графика глубины считывания по всей хромосоме до детального выравнивания последовательностей между считыванием и эталонной последовательностью. Пользователи легко перемещаются в интересующие области простым щелчком и перетаскиванием или прокруткой. ZOOM Lite является производным от программного обеспечения ZOOM Studio.