RAPTOR

Описание

RAPTOR - это инновационное программное обеспечение, предназначенное для точного предсказания структуры белка. Он сочетает в себе расширенные инструменты анализа в одном интегрированном программном решении и предоставляет три различных метода создания потоков. Уникальный подход RAPTOR к оптимизации целочисленного программирования является наиболее эффективным для поиска структурных шаблонов целей с низкой гомологией последовательностей и позволяет создавать высококачественные модели. Простой в использовании интерфейс и понятные значения E идеально подходят для новичков и экспертов. Прежде всего, интуитивно понятное отображение результатов позволяет пользователям легко понять результаты с первого взгляда. Если имеется последовательность целевого белка, если существует гомологичный белок с известной трехмерной структурой, его можно найти с помощью инструментов поиска последовательности, таких как PSI-BLAST, также предоставленных в RAPTOR. Затем строится структура цели на основе известной структуры; однако, когда гомология последовательностей незначительна, то есть менее 25%, PSI-BLAST не может дать надежного результата. В отличие от PSI-BLAST, который просто выполняет поиск последовательности, распаковку белков, распознавание складок, использует информацию как о гомологии, так и о структуре. Он сканирует последовательность белка с неизвестной структурой по базе данных известных структур. Используя функцию подсчета очков и проводя анализ совместимости между трехмерными структурами и линейными последовательностями белков, будет определена лучшая структурная матрица, из которой можно построить структуру последовательности. В результате наложение белков дает более точный прогноз, чем моделирование гомологии, когда имеется маргинальная гомология последовательностей.