FlexS

Описание

FlexS предсказывает конформацию и ориентацию одного из лигандов относительно другого. Во FlexS эталонный лиганд считается жестким, поэтому он должен быть задан в конформации, близкой к связанному состоянию. Алгоритм суперпозиции во FlexS требует минимального ручного вмешательства. Вы можете интегрировать эти знания в вычисления с помощью FlexS, выполняя отдельные шаги вручную. Таким образом, FlexS предназначен для интерактивной работы с парами лигандов, а также для виртуального скрининга на основе лигандов. Двумя основными приложениями FlexS являются суперпозиционирование лигандов (например, для CoMFA/QSAR) и виртуальный скрининг. Если у вас есть белок и небольшая молекула, связывающаяся с ним (так называемый эталонный лиганд), но нет структуры белка, вы можете использовать эталонную структуру как отрицательный отпечаток активного центра. FlexS определяет сходство между тестовой и эталонной структурой, выравнивая их. В виртуальном скрининге у вас есть эталонный лиганд и набор соединений, и вы заинтересованы в определении приоритетности соединений для экспериментального тестирования.